Naruto est de retour et a bien grandi, mais n'a pas changé et est toujours aussi désireux de ramener Sasuke. Bien qu'étant toujours officiellement un genin, il passe un test probant aux côtés de Sakura en parvenant à prendre les clochettes à Kakashi dont il intègre l'équipe avec Sakura. Alors que Tsunade désire le ménager (et le protéger, car il est une cible de l'Akatsuki), le rapt de Gaara change la donne et Naruto est envoyé au Pays du Sable où il fera tout pour le sauver.

Il doit ensuite cohabiter avec de nouveaux équipiers, Sai et Yamato, ce qui se révélera difficile, la diplomatie n'étant pas son fort. L'équipe Kakashi parvient enfin à retrouver Sasuke, mais hélas une fois encore Naruto se révèle trop faible pour le retenir. Au cours de l'expédition, on découvre le danger que représente Kyûbi quand il parvient à posséder Naruto car celui-ci perd le contrôle de ses émotions et de lui-même. Kakashi décide alors de lui enseigner une nouvelle technique de rang S, sa propre technique, en utilisant le Tajû kage bunshin pour démultiplier la vitesse d'apprentissage et permettre à Naruto d'assimiler le changement de forme et de nature du chakra (de type vent pour lui). Le Rasenshuriken se révélera très efficace contre Kakuzu, mais les dangers de son utilisation amèneront Tsunade à lui en interdire l'utilisation.

Jiraiya mort,  on apprend l'identité des parents :de Naruto  rien de moins que le Yondaime (Namikaze Minato) et une ninja du pays des tourbillons, Uzumaki Kushina. Naruto est donc l'héritier du Quatrième Hokage, et une responsabilité énorme pèse sur ses épaules: stopper Pain qui arrive à Konoha, déterminer à le capturer. Afin d'y faire face, Naruto a subi l'entraînement de son maître Jirayia auprès des grenouilles du mont Myoboku et a maîtrisé le "mode sennin" c'est-à-dire l'usage du chakra présent dans la nature ce qui renforce considérablement ses capacités. Cela suffira-t-il contre Pain?

Sakura est maintenant une Chuunin et est ravie de revoir Naruto... et un peu moins de voir qu'il n'a pas beaucoup changé intellectuellement. Le test des clochettes que lui impose Kakashi donne un aperçu de la force qu'elle a acquise avec Tsunade : elle est désormais capable, grâce à son excellente maîtrise du chakra, de pulvériser n'importe quoi. Intégrée dans l'équipe Kakashi, on découvre ensuite ses aptitudes de ninja médecin quand elle soigne Kankurô, puis sa rapidité et sa sagacité au combat contre Sasori. Dans l'anime, Kakashi affirme même qu'elle a le potentiel pour surpasser Tsunade. Lorsque Sakura montre sa force face à Kakashi, Jiraya affirme lui aussi qu'elle est une seconde Tsunade ; Naruto se dit qu'il ferait mieux d'arrêter de la taquiner sinon il risque d'y rester. Ainsi elle n'est plus du tout la ninja inutile du début. Mais si elle s'inquiète pour Naruto, surtout depuis qu'elle sait que l'Akatsuki est à ses trousses et qu'elle connaît le danger que représente Kyuubi quand il possède Naruto, ses pensées restent tournées vers Sasuke. Comme le dit Naruto, elle non plus n'a pas beaucoup changé dans son caractère : son for intérieur reste tout aussi agressif.

Les progrès de Sakura apparaissent clairement dans l'entraînement qui oppose Naruto et elle-même face à Kakashi, puis lorsqu'elle sauve Kankuro et vainc Sasori avec l'aide de Chiyo du village de Suna. Elle continue toutefois à se reprocher son inutilité lorqu'elle ne peut aider Naruto dominé par le chakra de Kyuubi. Yamato pense quant à lui que les sentiments qu'elle éprouve envers Naruto sont davantage que de l'amitié... Malgré tout, son objectif n'a pas changé : ramener Sasuke, en dépit de la froideur de ce dernier lors de leur brève rencontre dans le repaire d'Orochimaru.

Si Naruto a beaucoup progressé, Sasuke n'a pas été en reste et ses nouvelles techniques n'ont d'égale que sa froideur habituelle. Après avoir rejeté avec dédain Naruto et Sakura venus une fois encore tenter de le ramener, il passe à l'attaque et seule l'intervention de Sai empêche Sasuke de tuer un Naruto désemparé. Il sort ensuite vainqueur de l'affrontement inéluctable avec Orochimaru qui désirait s'emparer de son corps et se voit encore une fois vaincu par le Sharingan. Pourtant, on note qu'il épargne ses adversaires quand il le peut, et il reproche à Orochimaru ses méthodes.

Sasuke a désormais les mains libres pour affronter Itachi ; il constitue dans ce but une équipe (Hebi) avec d'anciens cobayes/assistants d'Orochimaru (Suigetsu, Karin et Juugo). Il réussit ensuite difficilement à vaincre Deidara. Enfin, il atteint son objectif : la rencontre avec son frère Itachi. Le combat est épique, Itachi va l'emporter mais s'écroule inexplicablement et meurt avant de porter le coup de grâce. Sasuke est alors recueilli par Tobi/Madara qui lui dévoile la vérité sur l'histoire de son frère.

Désormais, Sasuke n'a plus qu'une idée : se venger de Konoha... Il accepte de se rallier à l'akatsuki en échange du pouvoir des bijuus (même si on peut douter fortement de la volonté réelle de Tobi/Madara de tenir sa parole à ce sujet) et part à la recherche du huitième bijuu, Hachibi. Il parvient à le vaincre après un rude combat, mais Hachibi s'échappe...

Kakashi n'a pas beaucoup changé durant ces deux ans et demi, sinon que son entraînement l'a rendu plus fort. Naruto dit de lui: "Il est plus intelligent que Shikamaru, il a un meilleur odorat que Kiba, il maitrise mieux son Sharingan que Sasuke et possède un meilleur Taijutsu que Gros Sourcils (Rock Lee)". Il est également toujours aussi fan des romans grivois de Jiraya, ce qui permettra à Naruto et Sakura de parvenir à lui prendre ses clochettes. Il se révélera donc un allié indispensable face à l'akatsuki, d'autant qu'il est parvenu à pousser son sharingan jusqu'au Mangekyu'o Sharingan, bien que cela l'épuise très rapidement. Son Mangekyu'o Sharingan diffère toutefois légèrement de celui d'Itachi, il lui permet de créer des distorsions dimensionnelles. On ignore pour l'instant comment il a acquis cette technique.

Il se montre également un professeur avisé puisque c'est grâce à ses idées et ses conseils (notamment l'utilisation du Tajuu kage bunshin no justu) qui permettent à Naruto de développer le Rasenshuriken. Cela montre  clairement que Kakashi a pris une autre dimension. Tsunade évoque même son nom comme possible nouvel Hokage, malgré son relativement jeune âge (30 ans).

Après avoir mené l'équipe de recherche qui a tenté en vain de retrouver Sasuke, Kakashi se trouve au village de Konoha quand Pain lance son offensive. Mais malgré toutes ses techniques et l'aide du clan Akimichi, Kakashi est impuissant face aux pouvoirs de Pain...

Yamato est un membre de l'Anbu auquel on a confié la direction de l'équipe Kakashi (dont il a été l'élève) pendant que Kakashi est à l'hôpital. Il est réputé être le plus fort de l'Anbu. On comprend bientôt pourquoi il a été choisi par Tsunade dont il a toute la confiance, en effet, outre ses capacités exceptionnelles, Yamato possède la capacité de contrôler le pouvoir des bijuus grâce au Mokuton no Jutusu, la technique du Shodaime ! En effet, il est issu des expériences génétiques d'Orochimaru, ce dernier essayant de recréer un homme disposant de cette affinité si spéciale en testant des échantillons cellulaires du premier Hokage sur des nouveaux nés. Yamato possède ainsi les gènes du premier Hokage, ce qui lui permet d'effectuer le Mokuton en combinant ses deux affinités, la terre et l'eau. Ainsi, Yamato peut contenir les débordements du chakra nocif de Kyuubi chez Naruto.

En tant que jounin, Yamato est un chef avisé, un fin tacticien et sait garder son calme dans les situations les plus périlleuses. Comme tous les Anbus, on ne sait pas beaucoup de choses sur lui : comme Sai, Yamato est un nom d'emprunt ; Kakashi l'appelle ainsi Tenzô, ce qui pourrait être son véritable nom. De prime abord il semble ouvert et sympathique, il peut cependant s'avérer très dur quand on le met en colère. Il a toute la confiance de Tsunade ; avec lui, l'équipe Kakashi est entre de bonnes mains. C'est grâce à lui que Naruto va pouvoir développer sa nouvelle technique, le Rasenshuriken. Il témoigne beaucoup de respect pour Kakashi, qui a apparemment été son senpai (maître), ce qui est compréhensible quand on sait que Kakashi faisait autrefois lui aussi partie des forces spéciales.

Yamato fait ensuite partie de la mission de recherche d'Itachi et Sasuke. Lorsque celle-ci se heurta à une forêt entière devastée par Amaterasu, il utilisa une technique doton afin de contenir les flammes et permettre à l'équipe de poursuivre sa route - mais en vain.

Sai est le remplaçant de Sasuke dans la team Kakashi qui vient d'être reformée suite au retour de Naruto. On sait peut de choses sur lui, si ce n'est qu'il fait partie de l'Anbu, et plus particulièrement de la division Ne (ce qui signifie "Racine"), dirigée de façon autonome par Danzou. Sa présence dans l'équipe Kakashi a été imposée à Tsunade par le Conseil de Konoha. Celle-ci s'en méfie d'ailleurs et demande à Yamato de le surveiller. Comme la plupart des membres des forces spéciales, Sai n'est d'ailleurs pas son vrai nom.

Les tensions vont rapidement surgir avec Naruto et Sakura déjà réticents à l'idée de voir quelqu'un remplacer Sasuke. On découvre rapidement que Sai n'éprouve aucune émotion, conséquence apparemment de son entraînement dans la division Ne. Le credo selon lequel un ninja doit maîtriser ses émotions est ainsi poussé à l'extrême chez lui. Ainsi son sourire quasi-permanent n'est-il que pure façade. Son indifférence vis-à-vis des autres est totale, son unique objectif étant d'accomplir la mission qui lui a été confiée : non pas celle confiée à l'équipe Kakashi, mais en réalité celle que lui a ordonné Danzou, à savoir tuer Sasuke en feignant une alliance avec Orochimaru pour pouvoir l'approcher.

Mais comme la plupart des gens, au contact de Naruto, Sai va évoluer et, à l'image de Gaara, comprendre la valeur de l'amitié, notamment grâce au souvenir de son frère disparu. Il renonce alors à accomplir sa mission et une fois de retour à Konoha demande à rester dans l'équipe Kakashi, au prix d'un apprentissage parfois douloureux (au sens propre) des relations sociales, notamment avec les filles ninja. Il pourra dès lors se révéler un allié précieux. Même si l'on n'a que peu au vu de ses aptitudes au combat jusqu'ici sa maîtrise du ninjutsu pourrait s'avérer très utile.